La primera etapa del sendero del Ebro va desde su nacimiento, en Fontibre hasta el pueblo de Montes Claros con una longitud de 26, 6 km. Aproximadamente. Los pueblos por los que se pasa en esta primera etapa son: Fontibre – Salces – Nestares – Reinosa – Requejo – Bolmir – Retortillo – Arroyo – La Aguilera – Bustasur – Apeadero de Montes Claros...

La segunda etapa del GR 99 parte de Montes Claros y finaliza a 24 km, en Villanueva de la Nía. Los pueblos que recorre en esta etapa son: Montes Claros – Apeadero de Montes Claros – Aldea de Ebro – Aroco – Bárcena de Ebro – Otero del Monte – Cubillo de Ebro – Villanueva de la Nía. Empezando en el monasterio de Montes...

Esta etapa de16,5 km comienza en Villanueva de la Nía y finaliza en Polientes. El itinerario que sigue el río es el siguiente: Villanueva de la Nía – Cuillas del Valle (Provincia de Palencia) – Olleros de Paredes Rubias (Provincia de Palencia) – Sobrepenilla – Sobrepeña – Rebollar de Ebro – Polientes Esta tercera etapa comienza atravesando el río Marchando y cogiendo una pista...

Con una distancia de 18,5 km aproximadamente, en esta etapa que une las localidades de Polientes con Orbaneja del Castillo, el Ebro se despide de tierras cántabras… Y lo hace a lo grande. El itinerario de la última etapa cántabra es el siguiente: Polientes – Arenillas de Ebro – Villota de Elines – San Martín de Elines – Villaescusa de Ebro – Central del...